1994年5月，曼德拉当选为南非历史上第一位黑人总统，考虑到温妮的政绩和她在激进派中享有的威望，宽容大度的曼德拉任命她为民族团结政府艺术、文化和科技部副部长。他还亲自出马为温妮助选，使她顺利地当选为国会议员。然而，这并未消弭两人越来越大的政治裂痕，他们对政府政策的争端此起彼伏。同时温妮一意孤行，有关她挪用捐款、以权谋私、生活奢侈的“腐败行为”不断曝光。先是媒体披露她在非国大福利部任职期间挪用25万兰特的捐款；接着南非一航空公司指控她滥用职权包租一架飞机到安哥拉却未付钱；后来又有人控告她为女儿的公司谋私利；最重要的是，巴基斯坦总理贝·布托通过她捐赠给非国大的50万兰特也下落不明。
背叛丈夫，劳燕纷飞
出狱后特别是当选为南非总统后的曼德拉经常需要对许多重大问题作出决断，但作出与温妮分手的决定也许是他一生中最感棘手和痛苦的。在婚后的34年中，他们仅共同生活了6年多。近30年的分离是由于斗争的需要和南非白人当局造成的，而重逢两载又分手却是两人政见分歧所致，这种痛苦对他们两人精神上的打击是极大的。