4月23日，孙中山返抵广州，即委任陈炯明为北伐军第1军总司令，并向陈炯明表示：“不生异词，必当倚任如前。”他又派伍朝枢、古应芬、居正、廖仲恺、马君武、汪精卫、程潜等到惠州、敦促陈炯明回省城。许崇清、魏邦平、梁鸿楷、李福林、黄大伟、李云复、徐军雁等粤军将领，致电陈炯明，劝其返穗。
但陈炯明拒绝出任北伐军第1军总司令，声称“自今后，息影田庐，躬耕养母。”
陈炯明表面上造成放刀成佛、卖剑买牛的假象，暗地里却积极筹兵备械，图谋不轨，设下“明修栈道，暗渡陈仓”之诡计。他从广州退回惠州时，就从广州兵工厂、永济火药库及汕尾兵工厂带走大批枪支弹药，并在一个月内，添募40余营新兵，为发动叛乱积极作准备。
孙中山对北伐抱着一息尚存、此志不懈的精神，于5月6日从广州赴韶关督师，设大本营于韶关。他举行北伐誓师大会，发布总进攻令，北伐军分3路6防线，向江西发起进攻。
6月13日，北伐军攻占赣州，直系军阀陈光远弃城而逃。随后，北伐军进据吉安，直逼南昌。
正当北伐军跃马挥戈、节节胜利之时，陈炯明发动了反革命叛乱。陈炯明部叶举、翁式亮、杨坤如等于5月18日率部进入广州，设总指挥部于白云山郑仙祠。要求孙中山恢复陈炯明各职，并罢免伍朝枢、胡汉民、蒋尊簋、廖仲恺、谢慧生、程天斗等人之职，革除许崇清军长职务，粤军全部归陈炯明管辖，否则即以武力解决。